Resumen Antecedentes
terapia periodontal convencional tiene por objeto controlar las biopelículas supra y subgingival. Aunque la terapia periodontal ha demostrado mejorar la salud periodontal, que no detiene completamente la enfermedad. Casi todos los sujetos sean conformes al mantenimiento periodontal continúan experimentando pérdida de inserción progresiva y una fracción de ellos pierde los dientes. Un trasplante de microbios orales
puede ser una nueva alternativa para el tratamiento de la periodontitis (inspirado en el trasplante fecal). En primer lugar, debe establecerse que microbioma de la salud oral y la periodontitis son distintos. En ese caso, el microbioma salud asociados podría introducirse en la cavidad oral de pacientes con periodontitis. Esto se relaciona con los objetivos de nuestro estudio: (i) evaluar si las comunidades microbianas de toda la cavidad bucal de los sujetos con periodontitis o eran diferentes de la salud oral en contraste por microbiotas de caries y edentulismo pacientes; (Ii) poner a prueba in vitro
si concentración segura de hipoclorito de sodio podría ser utilizado para la erradicación de la inicial de la microbiota oral, original, seguido de una neutralización segura de la trasplante antes de hipoclorito.
Métodos
Dieciséis adultos blancos sistémicamente sanos con signos clínicos de una de las siguientes condiciones orales fueron matriculados: periodontitis, caries establecidos, edentulismo y la salud bucodental. muestras de biopelículas orales se obtuvieron de los sitios sub y supra-gingival y mucosa oral. Se extrajo el ADN y se amplificó 16S rRNA genes. Los amplicones del mismo paciente se agruparon, se secuenciaron y se cuantificaron. oral placa del voluntario fue tratado con solución salina, NaOCl y NaOCl 16 mM tampón neutralizado por ascorbato seguido por siembra en agar sangre.
Resultados Terrenos ordenación de la abundancia de genes rRNA revelaron agrupaciones distintas para el microbioma orales de los sujetos con periodontitis, edentulismo o la salud oral. El microbioma oral en sujetos con periodontitis mostraron la mayor diversidad que alberga 29 especies bacterianas en abundancia significativamente mayor en comparación con los sujetos con las demás condiciones evaluadas. Los sujetos sanos tenían significativamente mayor abundancia en 10 especies microbianas en comparación con las demás condiciones. NaOCl mostró fuertes propiedades antimicrobianas; ascorbato no tóxico era capaz de neutralizar el hipoclorito.
Conclusiones
firmas microbiana oral Distintos fueron encontrados en sujetos con periodontitis, edentulismo, o la salud oral. Este hallazgo abre un potencial para una nueva terapia, por lo que toda una comunidad microbiana oral relacionada con la salud se trasplanta al paciente enfermo.
Palabras clave
bacterioterapia microbiana trasplante de caries Edentulismo periodontitis material complementario electrónico complejo rojo sobre The versión en línea de este artículo (doi:. 10 1186 /s12903-015-0109-4) contiene material complementario, que está disponible para los usuarios autorizados
Antecedentes Francia El microbioma oral humana se compone de una amplia variedad. de microorganismos que desempeñan papeles importantes en la salud y la enfermedad. Las bacterias, por ejemplo, mantener la salud oral y sistémica [1], pero también pueden causar la enfermedad. Los bacteriófagos forma de diversidad microbiana [2]. Los protozoos y hongos consumen los restos de comida y otros microbios [3, 4] y arqueas utilizar subproductos de fermentación para producir metano [5]. Sin embargo, en términos de especies microbianas, nuestra comprensión actual de la microbiota oral humana se limita a unos pocos microorganismos bien estudiados. Sobre la base de lo que se conoce acerca de estos microbios, los investigadores han desarrollado modelos conceptuales con el propósito explícito de determinar la etiología de las enfermedades orales (por ejemplo, [6, 7]). Estos modelos sugieren putativo interacciones entre los microorganismos, así como entre los microorganismos y el anfitrión. Aunque estos estudios han avanzado de manera significativa el campo, estudios recientes muestran que la cavidad oral es un hábitat complejo y dinámico que consiste en cientos de diferentes especies que interactúan [8, 9]. Francia El modelo conceptual para la periodontitis es que Porphyromonas gingivalis, forsythia Tannerella Treponema dentícola Opiniones y Actinobacillus Aggregatibacter ¿Cuáles son responsables de la enfermedad [6, 10, 11]. La evidencia de modelos animales indicó que estas bacterias pueden interrumpir la homeostasis del tejido mediante la manipulación de las vías de señalización del huésped y una vez que la inmunidad innata se ve comprometida, causar un cambio en la abundancia relativa de los microbios, lo que resulta en la inflamación y la pérdida de hueso [12, 13]. Sin embargo, está bien establecido que estas bacterias es decir, P. gingivalis, T. forsythia, T. dentícola, A. actinomycetemcomitans
, también se encuentran en las cavidades orales sanos (por ejemplo, [14-19]). Por otra parte, P. gingivalis
no se encuentra hasta en la mitad de los pacientes con periodontitis crónica o agresivos [20]. La paradoja de estos microbios están presentes en ambas cuestiones de salud y enfermedad de la validez de los fundamentos conceptuales de la etiología de la periodontitis, que invita a formas alternativas de pensar acerca de la periodontitis, así como otras enfermedades orales.
Terapias periodontales convencionales tienen por objeto controlar biopelículas supra y subgingival y la gestión de los factores pronósticos como el mal control glucémico en pacientes con diabetes mellitus y tabaquismo activo [21, 22]. Aunque la terapia periodontal se ha demostrado para mejorar la salud periodontal y reducir la tasa de pérdida adicional de inserción clínica [23, 24] y la pérdida de dientes debido a la periodontitis [25-27], que se queda corto de detener por completo la enfermedad. Casi todos los sujetos sean conformes al cuidado de mantenimiento periodontal siguen mostrando signos de pérdida de inserción clínica progresiva, y de uno a dos tercios de ellos, pierden uno o más dientes durante un período prolongado de cuidado periodontal de mantenimiento [28, 29]. Creemos nueva forma de pensar es necesario para la búsqueda de fórmulas adecuadas para el tratamiento de la periodontitis.
El conocimiento de un campo diferente indica que una comunidad microbiana apropiada es la clave para mantener la resistencia contra la infección. Un ejemplo clásico es el microbioma intestinal, que protege al huésped de la infección por Clostridium difficile
(CD). En concreto, algunos pacientes desarrollan CD colonización de sus intestinos tras el tratamiento con antibióticos, que erradica a cabo su microbioma innata. Una estrategia exitosa para la lucha contra el CD mediante el trasplante de flora intestinal de un donante sano se registró por primera vista médico hace más de 50 años [30]. (Los orígenes de la fecha del procedimiento de nuevo al 4
siglo XX en China [31]). En concreto, una suspensión de heces tomada de una pareja íntima sistémicamente sanos, pariente o amigo se introduce en el tracto gastrointestinal del destinatario a través de la colonoscopia, enema o una sonda nasogástrica. informes de revisión sistemática reciente aprox 90% de eficiencia de la erradicación de la infección por el CD de un trasplante fecal [32]. Además de la infección CD, se encontraron otras enfermedades potencialmente dysbiotic ser sensible a la trasplante microbiana, tal como enfermedad inflamatoria del intestino, la obesidad. Para una revisión sobre los avances en el trasplante intestinal microbiana ver Kelly et al. [33].
Inspirado por el éxito del trasplante fecal, que aquí hemos presentado un concepto de un trasplante microbiana como una terapia potencial para la periodontitis. Tenemos la visión de la terapia de las que consta de tres pasos: (i) sub-cosecha y la microbiota supragingival de un donante sano, por ejemplo, cónyuge o un socio; (Ii), la realización de la limpieza, la planificación de la raíz profunda y la aplicación de un agente antimicrobiano de amplio espectro para el paciente periodontitis; y (iii) neutralizar el agente antimicrobiano inmediatamente después de un enjuague con una suspensión microbiana cosechado del donante sano en el paciente periodontitis.
Los objetivos del presente estudio fueron dobles. El primer objetivo fue evaluar si toda la comunidad microbiana oral de la periodontitis era diferente de la caries establecidos, edentulismo y la salud bucodental. El segundo objetivo era poner a prueba un método para aplicar un agente antimicrobiano de amplio espectro segura (NaOCl) para reducir significativamente la carga de microbioma existente seguido de neutralización de este agente para el trasplante microbiana posterior.
Métodos
los sujetos de estudio
sujetos adultos fueron reclutados en el Departamento de Periodontología, Universidad de Washington, Seattle, WA, EE.UU. y la Sección de Periodoncia de la Universidad de Düsseldorf, Alemania. Un consentimiento informado por escrito para participar en el estudio se obtuvo de los sujetos. El estudio fue aprobado por la Universidad de Washington Junta de Revisión Institucional, ref. número 3570. Los sujetos fueron inscritos si tenían una de las siguientes condiciones clínicas: periodontitis severa, la caries, edentulismo, o la salud oral. Un caso de la periodontitis se define por tener al menos 2 sitios interproximales en diferentes dientes con pérdida de inserción clínica (CAL) de 6 mm o superior y al menos 1 sitio interproximal con la profundidad de sondaje (PD) de 5 mm o más [34] y un mínimo de 20 dientes permanentes, sin incluir 3 er molares. Los sujetos fueron excluidos del grupo periodontitis si tenían múltiples lesión de caries establecida o llevaban una prótesis parcial removible. Un caso de la caries se define como tener el siguiente número de dientes con caries lesiones establecidas: 6 o más dientes en sujetos de 20 a 34 años de edad; 4 o más dientes en sujetos de 35 a 49 años de edad; y 3 o más dientes en sujetos de 50 años de edad y mayores. la caries establecidos se definió como una lesión de clase 4 de acuerdo con el Sistema de Evaluación Internacional de detección de caries y. El número de dientes con lesión de caries en los casos de caries era mayor que una desviación estándar por encima de la media de la extensión de la caries en respectivo grupo de edad la U.S.A. [35]. Los criterios de exclusión para un caso caries eran sitios interproximales con CAL de 4 mm o mayor o PD de 5 mm o mayor [34]. Un caso desdentado tuvo que ser completamente desdentado en ambas mandíbulas y los dientes tuvo que ser extraído más de un año antes de la inscripción en el estudio. Un caso saludable se define como tener 28 dientes, sin contar 3 molares rd, o 24 o más dientes, sin contar 3 molares rd si premolares habían sido extraídos por razones de ortodoncia o fueron ausencia congénita sin signos de comunicación oral enfermedad. Los criterios de exclusión para un caso saludable incluyen: fumar, la pérdida de dientes permanentes debido a caries o periodontitis, sitios interproximales con CAL de 4 o mayor o PD de 5 mm o mayor, o cualquier lesiones de caries establecidos. Exclusioncriteria para todos los grupos incluidos: lesiones orales de las mucosas, enfermedades sistémicas, y el uso de antibióticos o antisépticos locales en los 3 meses previos al estudio
recogida de muestras
Para todos, pero los pacientes desdentados, se recogió la placa supra y subgingival. a partir de seis sitios con la profundidad de sondeo más profundo en cada sextante. Una punta de papel estéril por sitio fue insertado en el aspecto más profundo de la bolsa periodontal o surco gingival. Biofilm de la mucosa oral, se recogió por pasar un hisopo de algodón estéril sobre las superficies epiteliales del labio, izquierda y derecha de la mucosa bucal, el paladar, y dorso de la lengua [36]. Las muestras se almacenaron a -80 ° C. Los métodos moleculares
ADN microbiano fue aislado de las células por ruptura física y química utilizando zirconia perlas /sílice y la extracción con fenol-cloroformo en un talón batidor FastPrep-24 [37]. Procariotas genes 16S rRNA fueron amplificados utilizando cebadores universales (27 F y 1392R) utilizando el kit de GemTaq MGQuest (Cat # EP012). El programa de PCR implicada una etapa de pre-amplificación de 10 ciclos con temperatura de hibridación de 56 ° C seguido de 20 ciclos de amplificación con la temperatura de recocido 58 ° C. En cada ciclo, el tiempo de alargamiento fue de 1 min 10 s, a 72 ° C. PCR fue finalizado por el alargamiento prolongado durante 5 min. Los productos de PCR fueron purificados con ADN Clean & amp; columnas concentrador (Zymo Research, EE.UU.) y se cuantifica mediante el NanoDrop (Agilent, EE.UU.).
Debido a razones técnicas, para algunos temas, y subgingival microbiotas mucosas se agruparon en un vial, mientras que para otros temas de la mucosa y subgingival Los microorganismos fueron almacenadas por separado. Dado que nuestro objetivo era investigar toda la comunidad microbiana, por lo supra almacenado por separado y muestras de la microbiota subgingival, cantidades iguales de producto de PCR derivados de las muestras de frotis y la punta de papel se agruparon para cada paciente. Para los pacientes desdentados, no hubo muestras de punta de papel. Cada producto purificado PCR, 500 ng, se marcó con un Identificador de Multiplex (MID) durante la etapa de preparación Roche rápido Library. Cuatro secuencias etiquetadas-MID, que representan cada una de las condiciones, se combinaron en concentraciones equimolares y se someten a los protocolos de secuenciación de ADN emPCR y como se especifica en las recomendaciones del fabricante para el instrumento Roche Jr. 454.
Análisis de los datos
Las secuencias obtenidas fueron separados por sus respectivos múltiplex Identificador (MID) y subido al servidor web MG-RAST [38]. La tubería MG-RAST evaluó la calidad de las secuencias, secuencias cortas retirados (multiplicación de la desviación estándar de la longitud de corte de 2,0) y se retira con secuencias de pares de bases ambiguas (no ACGT; máximo número permitido de par de bases ambiguas se fijó a 5). El oleoducto anotado las secuencias y permitió la integración de los datos con muestras de metagenómica y genómicos anteriores. La base de datos RDP se utilizó como fuente de anotación, con una identidad de secuencia mínima del 97%, máximo de corte e-valor a las 10 -5, y la longitud de la secuencia mínima de 100 bases. análisis de diversidad alfa se llevó a cabo en MG-RAST.
transformación ortogonal de los genes rRNA anotado a sus componentes principales (PC) se llevó a cabo usando abundancias normalizados [39, 40]. La normalización de la abundancia se realizó de forma idéntica al procedimiento utilizado por MG-RAST. En concreto, se incrementaron las abundancias por uno, log2 transformado, y centrados para producir valores relativos. Los valores relativos se estandarizaron dividiéndolos por la desviación estándar de los valores log2 [38]. Los datos se graficaron en una parcela de la ordenación de 2 dimensiones. Para determinar la contribución relativa de las especies microbianas a la trama, dejamos que X denota la matriz de 16 por 578 (pacientes por especie) de los valores de abundancia normalizados. La matriz X se utilizó para producir un 16 × 16 matriz D de las distancias entre todos los pares de sujetos. coordinar Principal análisis (PCoA, es decir, el escalamiento multidimensional) se logró mediante la realización de análisis de componentes principales (PCA) en la matriz de distancias, se utilizó D. La distancia euclidiana métrica para crear esta matriz, pero esta métrica produjo resultados similares a los cuando el se utilizó alternativa distancia de Bray-Curtis. Para investigar y visualizar las diferencias entre los cuatro grupos de pacientes, los dos primeros componentes principales, PC1 y PC2, de la matriz de distancia D se retuvieron. Para establecer que las especies eran más prominente responsable de las agrupaciones, se calculó la proyección de cada especie en el (PC1, PC2) plano; las especies con las proyecciones más bajo se muestran en el panel derecho de la figura. 3. Es decir, esta cifra muestra un biplot de la especie PC1 y PC2 más altamente correlacionados.
Prueba de Mann-Whitney (alfa = 0,05) se utilizó para investigar diferencias significativas en las abundancias relativas normalizadas. Los datos de abundancia se normalizaron de dos maneras diferentes: MG-RAST normalización como se describe anteriormente y abundancias bruto normalizado para el número total de lecturas en una muestra. Las diferencias en las diversidades alfa por condición se determinaron mediante ANOVA. Las pruebas de dos colas, suponiendo una varianza desigual, se utilizaron investigar si había diferencias significativas en los medios (alfa = 0,05). Estos análisis se realizaron con SAS JMP.
Experimentos de hipoclorito de sodio
De acuerdo con la concentración sugerido anteriormente [41], los experimentos se llevaron a cabo hipoclorito de sodio con una dilución 1:50 de la lejía de uso doméstico 6% (Clorox, The Clorox Company, EE.UU.), la "solución de trabajo de hipoclorito". La dilución corresponde a NaOCl 16 mM. El agente neutralizante fue un tampón de ascorbato de sodio producido mediante el ajuste de pH de una solución de ácido ascórbico 23 mM con NaOH concentrado hasta pH 5,3
tres muestras de placa dental de un voluntario se sometió a tres retos:. (I) la resuspensión en solución salina, (ii) resuspensión en la solución de hipoclorito de trabajo y (iii) la resuspensión en la solución de trabajo de hipoclorito que previamente se neutralizó con un volumen igual del tampón de ascorbato. muestras de placa resuspendidas se sembraron en placas de agar sangre. concentración de cloro activo
se evaluó crudamente por colorimetría yodo. Una solución colorimétrico contenía 1 volumen de 0,1% solución de almidón (Fisher Scientific) se mezcla con 0,1 volumen de 1 M de yoduro de potasio se estabilizó. Dos volúmenes de la solución colorimétrico se mezclaron con 1 volumen de la solución que contiene NaOCl. color azul intenso indica cloro activo detectable. colorimetría yodo se calibró con una serie de dilución de la solución de trabajo de hipoclorito con las siguientes diluciones 1: 200, 1: 400, 1: 800, 1: 1.600, 0. El dilution1: 800 todavía mostraron una pizca de azul, mientras que 1: 1.600 era totalmente incoloro.
Resultados
Demografía
Un total de 16 sujetos, 4 sujetos con cada una de las condiciones orales señaladas, fueron incluidos en el estudio. Diez sujetos fueron de Alemania y 6 de la U.S.A. .; 9 eran mujeres y 7 hombres. La edad de los sujetos incluidos varió de 28 a 92 años. Los sujetos con periodontitis tenían una mediana de 34 sitios (rango de 15 a 48) con EP de 4 a 6 mm y 5 sitios (rango de 4 a 26) con EP de 7 mm o más, mientras que ninguno de los sujetos con caries y ninguno de los sanos los sujetos tenían ningún sitio con EP de 4 mm o mayor. Los sujetos con caries tenían una mediana de 14 dientes (rango de 9 a 17) con la caries establecidos, mientras que la periodontitis y sujetos sanos eran en su mayoría libres de caries (Tabla 1) .table 1 Datos demográficos de la población pacientes
Condition
Parameter
Healthy
Periodontitis
Caries
Edentulous
America/Europe
0/4
2/2
2/2
2/2
Male/Female
2/2
2/2
2/2
1/3
Ages
41 (31-52) un
47 (28-58)
39 (29-49)
77 (58-92) guía empresas
Número de dientes
27 (25-28)
28 (22-30)
28 (22-31)
0
ICDAS ≥ 4
0
0 (0-1)
14 (9-17) guía empresas -
PD ≤ 3 mm
100
62 (26-79) guía empresas 100 - Wooel.com
PD 4-6 mm
0
34 (15-48)
0
Perfil -
PD ≥ 7 mm
0
5 (4-26)
0
-
ICDAS decaimiento
Sistema de Evaluación Internacional de Detección y caries, 4
denota establecida (la sombra de la dentina), PD
profundidad de la bolsa
aMedian (min-max)
microbianos firmas Francia El promedio (± std ) número de amplicones de ARNr 16S secuencias por la microbiota oral individual era 13.104 ± 5.533 (archivo adicional 1: Tabla S1). La longitud y contenido de GC de las secuencias fue similar para todas las personas: 514 ± 10 pb y 53 ± 1 pb, respectivamente. La comparación del número de secuencias, la secuencia de longitud, o el contenido de GC no reveló diferencias significativas según la condición oral o de género, lo que indica un conjunto de datos equilibrada. La curva de rarefacción de la mayoría de las muestras se acercó a la saturación, lo que indica suficiente lecturas para las comparaciones por condición y sexo (Fig. 1). Higo. 1 curvas de rarefacción obtuvieron utilizando la base de datos RDP con un 97% de similitud, la alineación mínimo de 100 pb y e-valor de 10-5. Véase la Tabla 2 para las etiquetas
La diversidad alfa del microbioma oral en sujetos con periodontitis fue significativamente (p & lt; 0,05) mayor en comparación con la encontrada en sujetos con caries y sujetos desdentados. Aunque el microbioma oral fue más diversa en sujetos con periodontitis en comparación con sujetos sanos, la diferencia se perdió significación estadística (p = 0,06) (Fig. 2). La composición de la microbiota oral en sujetos con periodontitis era claramente diferente de la de todas las otras condiciones orales. En concreto, la condición periodontitis tenía mayores abundancias de Bacteroidetes (32%), Fusobacteria (7%), espiroquetas (5%) y Synergisetes (1%) y menos Actinobacteria (14%) (Fig. 3). Actinobacteria fueron más abundantes en el microbioma oral de sujetos sanos (28%) y desdentados (34%), seguido por Firmicutes, que se produjo en abundancias de 22% y 30%, respectivamente (Fig. 3). Los sujetos con caries mostraron algo más bajas abundancias de Actinobacteria (19% vs. 29%) y ligeramente mayores abundancias de Fusobacterias (5% vs. 3%) en las comunidades microbianas orales en comparación con sujetos sanos (Fig. 3). Higo. 2 diferencias de diversidad de especies microbianas entre cuatro condiciones orales. Se muestran los datos en bruto, media y desviación estándar. (* P = 0,06, ** p & lt; 0,05, *** p & lt; 0,001, T-test
)
Fig. 3 Porcentaje de la abundancia de microbios por phylum y la condición
"El complejo rojo"
Una parcela de ordenación basado en los genes 16S rRNA reveló que el microbioma oral en sujetos con periodontitis, edentulismo, o la salud oral formaron grupos distintos (fig. 4, panel izquierdo). La trama ordenación explicó el 78% de la variabilidad observada. Estos resultados, junto con los altos valores de diversidad, sugieren que microbioma oral en sujetos con periodontitis, sujetos desdentados, y sujetos sanos eran muy diferentes entre sí. Permutación MANOVA (pseudo prueba F, refs. [42, 43]) mostró diferencias significativas en la abundancia de especies microbianas entre las cuatro condiciones orales (ajustado por Bonferroni p-valor de 0.0083). El ajuste de Bonferroni se refiere a las 6 comparaciones, es decir, todos los pares de los 4 grupos. Con el fin de determinar si la bacteria "complejo rojo" (P. gingivalis
, T. dentícola
y T. forsythia
) fueron determinantes absolutos de la firma microbiana de la periodontitis, se eliminaron las abundancias de estos organismos a partir del conjunto de datos original. No paramétrico MANOVA y la ordenación de parcela análisis del conjunto de datos sin bacterias "complejo rojo" no alteró los resultados mostrados en la Fig. 4a o el valor de p. Higo. 4 Izquierda
Panel: PCoA parcela ordenación de las 16 muestras orales humanos por la condición. Condición: rojo
, periodontitis;
azul, la caries;
negro, desdentado;
verde, saludable.
Derecha del panel: Proyección de las principales especies de microbios que contribuyen a los Grupos en la proyección de la parte superior 23 bacterias que contribuyen a pie de parcela PCoA (es decir, biplot) muestra la contribución relativa de las bacterias a la ordenación (figura 4, a la derecha.). Puesto que el propósito de la biplot era predominantemente ilustrativos, el número de especies que se muestran, 23, fue elegido arbitrario basado en la cola superior del histograma de tamaños de proyección (archivo adicional 1: Figura S1). P. endodontalis, Prevotella intermedia, T. vincentii de búsqueda y un inculto Porphyromonas
sp. se encontró que contribuir a la composición microbiana en la periodontitis, mientras que un complejo de P. melaninogenica, Fusobacterium nucleatum, P. catoniae, Capnocytophaga ochracea
y C. sputigena, C. gingivalis, Haemophilus parainfluenzae y Neisseria elongata
contribuyó a la composición microbiana de los sujetos por vía oral sanos. Los miembros del Streptococcus y Lactobacillus
se asocia con edentulismo.
Las especies que contribuyen a las diferencias en la diversidad y las agrupaciones en la trama ordenación se muestran en la Tabla 2. Veinte y nueve de los 587 especies microbianas tenido mayor abundancia en pacientes con periodontitis que los de las otras condiciones evaluadas. En los sujetos sanos, 10 de las 587 especies microbianas se encontraron en mayor abundancia en comparación con los sujetos no saludables (Tabla 3) .Tabla 2 especies bacterianas que tenían significativamente diferentes abundancias (%) entre los individuos con la no periodontitis (NP ; por ejemplo, sanos, caries, desdentados) y la periodontitis (P) abundancias basan en la prueba de Mann-Whitney (alfa = 0,05)
Filo /clase
género /especie
NP
P
Actinobacteria
Atopobium vaginas
0,01 0,35 *
Actinomyces georgiae
0,05 0,35 **
Actinomyces meyeri
0,10
0,49 **
Bacteroidetes
Porphyromonas endodontalis
0,12 2,91 *
inculto Porphyromonas sp.
0,04 1,26 *
Porphyromonas gingivicanis
0,00 0,04 **
Tannerella forsythia
0.20
0,83 *
Prevotella intermedia
0,12 3,23 *
Prevotella pallens
0,14
0,85 *
Prevotella pleuritidis
0,00 0,01 **
Prevotella salivae
0.20
0,74 **
Firmicutes /Clostridia
Parvimonas micra
0,12 1,19 *
Eubacterium saburreum
0,07 0,28 *
Pseudobutyrivibrio xylanivorans
0.00
0,06 *
Peptostreptococcus anaerobius
0,07
0,50 *
Firmicutes /negativicutes
Megasphaera micronuciformis
0,12 0,92 *
Fusobacterias
Leptotrichia Wadei
0,10 0,32 **
proteobacterias /Deltaproteobacteria
inculto Desulfobulbus sp.
0.00
0,02 *
proteobacterias /Epsilonproteobacteria
Campylobacter rectus
0,03 0,14 *
Campylobacter concisus
0,03 0,07 **
Spirochaetes /Spirochaetales
Treponema dentícola
0,07 1,60 *
Treponema maltophilum
0,01 0,25 *
Treponema medio
0,03 0,29 *
Treponema socranskii
0,05 0,21 *
Treponema sp.
0,03 0,10 *
Treponema vincentii
0,07 0,71 *
Treponema pectinovorum
0,00 0,04 **
synergistetes
synergistetes bacteria SGP1
0,05 0,23 *
Aminobacterium colombiense
0,01 0,05 *
* diferencia significativa utilizando tanto métodos de normalización (es decir, especies primas abundancias fueron log2 transformado, normalizada para producir valores relativos ((cruda valores de la media) /ETS) versus abundancias normalizados para el número total de lee en una muestra)
** diferencia significativa para la abundancia a partir de datos normalizados sólo para el número total de lecturas en una especie de muestra
Tabla 3 microbianos que tenía significativamente diferentes abundancias (%) entre individuos con la no saludable (NH; periodontitis, caries, desdentados) y saludable (H) abundancias basan en la prueba de Mann-Whitney (alfa = 0,05)
Filo /clase
género /especie
NH
H
Actinobacteria
Micrococcus lylae
0,00 0,03 **
Bacteroidetes
Prevotella marshii
0,01 0,09 **
Firmicutes /Bacilos
Abiotrophia para-adiacens
0,22 0,60 **
Granulicatella elegans
0.20
0.66 *
Granulicatella adiacens
0,60 1,27 **
Streptococcus iniae
0,04 0,15 *
Firmicutes /negativicutes
Selenomonas ruminantium
0.00
Higo. Todos los autores leído y aprobado el manuscrito final.
