Resumen Antecedentes
Hay evidencia de una contribución genética a la periodontitis crónica. En este estudio, se realizó un estudio del genoma amplia asociación entre los 866 participantes de la Universidad de Pittsburgh y registro dental ADN repositorio, cuyo diagnóstico periodontal oscilado entre sanos (N = 767) a la periodontitis crónica severa (N = 99).
Métodos
Genotipado
i de más de medio millón de polimorfismos de nucleótido único se determinó. Los análisis se realizaron dos veces, primero en el conjunto de datos completa de todos los grupos étnicos, y la segunda que incluye sólo las muestras definidas como la percepción subjetiva de los blancos. De los 100 mejores resultados, veinte polimorfismos de nucleótido único tuvieron resultados consistentes en ambos análisis (p-valores límite que van desde 1E-05 a 1E-6) y fueron seleccionados para ser probado en dos conjuntos de datos independientes derivadas de 1.460 individuos de Porto Alegre, y 359 de Río de Janeiro, Brasil. Se realizaron metanálisis de los polimorfismos de nucleótido único que muestran una tendencia a la asociación en el conjunto de datos independiente.
Resultados
El marcador rs1477403 situado en 16q22.3 mostraron asociación sugerente en la fase de descubrimiento y en el conjunto de datos Porto Alegre (p = 0,05). El meta-análisis sugiere que el alelo menos común disminuye el riesgo de periodontitis crónica.
Conclusiones
Nuestros datos ofrecen una hipótesis clara para ser probado de forma independiente con respecto a la contribución del locus 16q22.3 a la periodontitis crónica.
Palabras clave La periodontitis crónica
periodontitis periodontitis agresiva genética La genética médica polimorfismo genético Electrónico material complementario
La versión en línea de este artículo (doi:. 10 1186 /1472-6831-14-84) contiene material complementario, que está disponible para los usuarios autorizados.
Antecedentes
Aunque los estudios de la familia sugieren que los factores ambientales son los principales determinantes de la varianza en la periodontitis crónica [1-5], las comparaciones entre los criados y adultos juntos -además gemelos monocigóticos indicar que el ambiente familiar temprana no tiene influencia apreciable sobre el estado periodontal de los adultos [6]. Varios estudios de asociación han sido publicados en la última década con el objetivo de identificar los factores genéticos que contribuyen a la periodontitis crónica [7]; Sin embargo, los resultados no son necesariamente los mismos en función de la población estudiada [8].
Más recientemente, un estudio de asociación amplia del genoma [9, 10] incluyendo 1.020 y 4.504 participantes autodefinida como los blancos seleccionados del Atherosclerosis Risk in comunidades (ARIC) longitudinal de cohorte sugiere algunos nuevos loci ser posibles contribuyentes a la periodontitis crónica, aunque ninguno de ellos alcanzó significación estadística formal. Además, las dos listas de polimorfismos de nucleótido único asociado de la ARIC estudiaron muestras [9, 10] no obviamente se superponen. Divaris et al. [9] También se incluye análisis basados en la colonización bacteriana de las ocho especies y los resultados sugirieron loci adicionales que pueden contribuir a la susceptibilidad individual de ser colonizado por grupos bacterianos específicos.
En este estudio, se tuvo en cuenta la presencia de una mezcla étnica de investigar la asociación entre la variación genética y la periodontitis crónica. Se realizó una exploración de asociación del genoma de la periodontitis crónica, incluyendo el análisis ajustado por el hábito de fumar y el estado de la diabetes y la puesta en escena por la adición incremental de muestras de diferentes grupos étnicos, para abordar el papel de los genes en esta enfermedad. Nuestros resultados ofrecen una hipótesis clara para ser probado de forma independiente con respecto a la contribución a la 16q22.3 y 21q22.11 loci a la periodontitis crónica.
Métodos
muestra Descubrimiento
Todos los pacientes fueron participantes en el registro dental y ADN Repositorio (DRDR) de la Universidad de Pittsburgh School of Dental Medicine. A partir de septiembre de 2006, todas las personas que buscan tratamiento en la Universidad de Pittsburgh School of Dental Medicine han sido invitados a formar parte del registro. Ellos dan su consentimiento informado por la que se autoriza la extracción de información de sus registros dentales escritos. Además, proporcionan una muestra de saliva a partir del cual se puede extraer ADN. muestras de saliva no estimulada se obtuvieron de todos los participantes (se pidió a los individuos a escupir) y se almacenan II a temperatura ambiente hasta que se procesa. No centrifugación se realizó en las muestras de saliva. Se extrajo el ADN de acuerdo con las instrucciones del fabricante. La Universidad de Pittsburgh Junta de Revisión Institucional aprueba este proyecto y todos los individuos que firmaron un documento de consentimiento informado por escrito antes de la participación.
En enero de 2010, los datos de 886 individuos fueron extraídos del registro para este proyecto. Se excluyeron los veinte individuos menores de 17 años de edad. La edad media de los participantes fue de 41,2 años, con edades de entre 25 y 89 años. Ciento veintiocho eran fumadores y 44 tenían diabetes. Los participantes con un 30% o más dientes con los sitios de la pérdida de inserción clínica de cinco milímetros o más se definen por tener periodontitis crónica [11, 12]. Los participantes que tenían pérdida de inserción de cinco milímetros en menos del 30% de los sitios no fueron incluidos en el estudio. No hay casos que fueron diagnosticados como periodontitis agresiva se incluyeron en este estudio. Noventa y nueve pacientes fueron diagnosticados con periodontitis crónica (42 mujeres y 57 hombres con edades comprendidas entre 30 y 83 años). Sobre la base de su origen étnico auto-reporte de 63 eran blancos, 32 Negro, y cuatro pertenecían a otras etnias y estos pacientes formaron el grupo afectado. individuos no afectados fueron 767 (382 mujeres y 385 hombres con edades comprendidas entre 25 y 84 años de edad). Sobre la base de su percepción subjetiva de la etnia 543 declaran estar Blanco, Negro 158, y 66 pertenecientes a otros grupos (Tabla 1). Detalles adicionales se presentan como la disposición 1 (Apéndice 1: "Fenotipo Definición"). El Dental Registro y Repositorio de ADN es un proyecto basado en el hospital y se espera que los datos clínicos se registrarán por un número de diferentes profesionales. Todos los registros de la investigación fueron revisados para descartar la posibilidad de que los casos pueden tener agresiva periodontitis.Table 1 Resumen de las poblaciones de estudio
variable
Pittsburgh
Porto Alegre
Río de Janeiro
N
866
1.460
359
estado periodontitis
afectados
99 (11,4%) guía empresas 430 (29,4%)
183 (51%)
no afectado
767 (88,6%)
1.030 (70,6%)
176 (49%)
La media de edad (años )
41
40
56
Sexo
hembras
439 ( 50,7%)
784 (53,7%) guía empresas 257 (71,6%)
varones
427 (49,3%)
676 (46,3%) guía empresas 105 (28,4%)
fondo étnico
blanca
606 (70%)
1.188 (81,4%)
288 (80,2%)
Negro
190 (21,9%)
272 (18,6%) guía empresas 71 (19.8%)
Otros
70 (8,1%)
0
0
fondo étnico
blanca
63
348
147
En los individuos con fotos de Negro
32
82
36
con periodontitis
Otro
4
0 0
Fumador
128 (14,8%)
430 (29,4%) guía empresas 39 (10.9%)
auto-reporte de la diabetes
44 (5,1%)
40 (2,7%)
31 (8,6%)
muestras de ADN fueron genotipo de 620,901 polimorfismos de nucleótido único (SNP) III. Detalles de nuestros cálculos de potencia se presentan como la disposición 1 (Apéndice 2: "Cálculos de potencia de la Muestra Descubrimiento" y el archivo adicional 1). El arreglo en particular SNP elegido incluye SNPs que son representativas de las personas, tanto de ascendencia africana y europea [13], lo que se consideró un aspecto importante del diseño, ya que el grupo de estudio estaba compuesta por individuos que son blancos de auto-reporte o negros.
Asociación entre el estado de la periodontitis afecto y cada polimorfismo de nucleótido único en todo el genoma fue probada usando PLINK [14] y todos los análisis se ajustaron por edad, sexo, estado de la diabetes (sí o no), y el consumo de tabaco (fumador o no fumador ), las variables que se asocian con los niveles de la enfermedad periodontal distintas [15-19]. Los datos sobre los exfumadores no era coherente en todos los datos del registro y esta variable no fue utilizado en el análisis. En el análisis del conjunto completo de datos, sino que también corrige luego por los principales componentes de una evaluación de la estructura de la población, como se describe en el archivo adicional 1 (Apéndice 3: "a escala del genoma análisis," Apéndice 4: "Ajuste por etnicidad en el genoma ancha Análisis , "la disposición 1). a continuación, repetimos estos análisis con muestras de individuos blancos solamente (archivo adicional 1). Para dar cuenta de las múltiples pruebas, un valor de p inferior a 1E-07 (0,05 /473.514) fue considerado estadísticamente significativo.
Seguimiento muestras
De los 100 resultados con los p-valores más bajos, se seleccionaron los más consistentes resultados (los resultados que continuaron mostrando una tendencia de asociación) de ambos análisis (es decir,
, análisis del conjunto de datos completo y con muestras de individuos blancos; sólo. ficheros adicionales 1), que constan de veinte polimorfismos de nucleótido único (Tabla 2). Estos fueron analizadas en dos cohortes independientes basados en la población de Brasil. Los detalles de estas muestras se proporcionan en la Tabla 1 y como archivo adicional 1 (Apéndice 5: "Los detalles de las muestras son los próximos pasos"). Definición de la enfermedad periodontal utilizado fue el mismo que el descrito en el descubrimiento sample.Table 2 Resumen de los resultados de las exploraciones del genoma de ancho de asociación y el análisis independiente de periodontitis
marcador
alelo menor frecuencia crónica
Locus
Ubicación /gen
Genoma amplia exploración valor p todas las muestras (99 afectados, no afectados 767) guía empresas Genome Wide scan blancos p-valor única (63 afectados , 543 no afectado)
Independiente Porto Alegre cohorte p-valor (430 afectados, 1.030 no afectado)
Independiente de Río de Janeiro cohorte p-valor (183 afectados, 176 no afectado)
rs10858049
0,19
1p13.2
DENND2C
9.54E-05
0.01
0.78
0.3
rs4572866
0.19
4p15.2
Intergenic
5.80E-05
0.0006
0.49
0.42
rs6905786
0.45
6q16.2
Intergenic
1.41E-05
0.0003
0.65
0.72
rs7740539
0.26
6q21
Intergenic
1.39E-05
2.85E-05
0.16
0.65
rs10266202
0.41
7p21.3
Intergenic
3.89E-05
0.0003
0.68
0.4
rs4735081
0.4
8q23.1
Intergenic
1.80E-05
4.71E-05
0.48
0.86
rs6597536
0.15
9q34.13
MED27
3.62E-05
0.0002
0.91
0.9
rs1954179
0.34
10q25.2
RBM20
7.42E-05
0.0008
0.85
0.82
rs10501568
0.1
11p14.1
DLG2
8.81E-06
9.38E-05
0.58
0.66
rs1026477
0.47
11p14.1
MPPED2
5.48E-05
2.79E-06
0.68
0.98
rs982322
0.31
12q14.1
SLC16A7
3.99E-05
0.0008
0.48
0.74
rs1913208
0.42
13q33.1
Intergenic
6.46E-05
0.0004
0.17
0.6
rs1477403
0.46
16q22.3
Intergenic
6.18E-05
0.0001
0.05
0.66
rs1558878
0.45
17q24.2
ARSG
8.53E-05
0.0004
0.63
0.29
rs8066940
0.42
17q25.3
Intergenic
2.79E-05
0.0004
0.37
0.3
rs7254232
0.38
19q13.32
Intergenic
2.57E-06
0.0005
0.14
0.2
rs2833017
0.45
21q22.11
Intergenic
5.20E-05
0.0004
0.32
0.001
rs9305434
0.33
21q22.11
Intergenic
7.91E-05
0.0008
0.41
0.008
rs2048126
0.46
21q22.11
Intergenic
8.43E-05
0.0008
0.43
0.001
rs466092
0.25
21q22.3
MX2
1.28E-05 1.10E-
05
0,14
0,76
Nota: P -valores están relacionados con las diferencias en la distribución de los polimorfismos de un solo nucleótido entre los individuos afectados y no afectados.
para los 20 polimorfismos de nucleótido único seleccionados para esta prueba independiente, genotipificación se llevó a cabo usando química TaqMan [20] y el análisis de punto final. iv Todos los marcadores genéticos estaban en equilibrio de Hardy-Weinberg (datos no mostrados). Para determinar la asociación entre la enfermedad y cualquier frecuencia del alelo o genotipo, se utilizó regresión logística ajustado por edad, sexo, origen étnico, estado de la diabetes y tabaquismo utilizando PLINK [14]. Los datos sobre los ex fumadores no estaba disponible en estos conjuntos de datos. La muestra de Porto Alegre también se ajustó por el índice de masa corporal, así ya que estos datos estaban disponibles y esta variable se ha asociado con enfermedades periodontales. P-valores iguales o inferiores a 0,0025 (0,05 /20) fueron
considerado estadísticamente significativo para el seguimiento los resultados del estudio. metanálisis
el fin de obtener una estadística de resumen para la asociación con los cuatro SNPs que mostraron una tendencia para la asociación en cualquiera de las muestras estudiadas seguimiento de Brasil, se utilizó un modelo de metanálisis de efectos aleatorios para estimar el odds ratio para la presencia del alelo asociado determinado por el análisis de asociación de todo el genoma. Antes de la puesta en común de los datos, se estimó estadístico Q de Cochran, lo que indica el grado de heterogeneidad. No hubo evidencia significativa de heterogeneidad general (Q = 2,7, p = 0,264). Se utilizó un modelo de efectos aleatorios, ya que incluye componentes de varianza dentro y entre los estudios. Por otra parte, debido a que por lo general se obtiene un intervalo de confianza más amplio que un modelo de efectos fijos, el modo de efectos aleatorios es más [21] conservadora. Se utilizó el conjunto completo de datos de Pittsburgh. MedCalc versión 13 se utilizó (MedCalc Software, Ostende, Bélgica).
Resultados
Genoma asociaciones de ancho estudio
filtros de calidad de polimorfismos de nucleótido único se aplicaron antes del análisis incluyendo la exclusión de tarifa que falta monomórfica y alta polimorfismos de nucleótido único ( & gt; 10%). Del total de 620,901 polimorfismos de nucleótido único en el chip, 477,410 marcadores pasan el control de calidad. Hubo un adicional de 3.896 marcadores que no estaban en equilibrio de Hardy-Weinberg (p ≤ 0,0001) o frecuencias de alelos menores no fueron informativas (frecuencia ≤ 0,05) y también fueron excluidos. Un total de 473,514 marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido se utilizaron para el análisis. Aunque no hay polimorfismos de nucleótido único cumplieron con los criterios conservadores de todo el genoma importancia, múltiples loci sugerente, representada por uno o más asociados marcadores con los valores de p entre 1E-5 y 1E-6, fueron observados en la muestra de descubrimiento (Figura 1). Figura 1 parcela Manhattan resume los resultados del estudio del genoma de exploración de ancho. No hay valores de p alcanzaron el umbral de significación de 1E-07. Intercalantes colores azules indican diferentes cromosomas. El cromosoma Y no se analizó, por lo tanto, no hay marcadores (color azul) aparecen. Los puntos rojos indican los resultados más significativos.
Los estudios de seguimiento
Se seleccionaron 20 polimorfismos de nucleótido único que tenían resultados consistentes en ambos análisis de la muestra total y la percepción subjetiva de los blancos sólo para probar en dos cohortes independientes (Tabla 2) . La inclusión de sexo, origen étnico, estado de la diabetes, el hábito de fumar, y el índice de masa corporal junto con la edad en el modelo no cambió sustancialmente los resultados y los datos que aquí se presentan se basan en el modelo más simple ajustado sólo por la edad. El marcador rs1477403 situado en 16q22.3 fue el único que mostró una tendencia para la asociación en la cohorte de Porto Alegre, Brasil [odds ratio = 1,2 (95% intervalo de confianza 1,0 a 1,47); p = 0,05 para la distribución de alelos, la Tabla 2]. Tres marcadores en 21q22.11 mostraron una tendencia a la asociación (p-valores nominales inferiores a 0,05) con periodontitis crónica en la cohorte de Río de Janeiro (Tabla 2). Estos marcadores están en desequilibrio fuerte vinculación entre sí (D '= 1,0).
Metanálisis
Las figuras 2, 3, 4 y 5 muestran los odds ratio para la asociación de rs1477403, en 16q22.3 y la tres SNPs en 21q22.11 en las muestras de Pittsburgh, y las dos cohortes de Brasil. Sólo rs1477403 mostrar una asociación que es coherente en la dirección de las tres poblaciones estudiadas. El alelo menos común se encuentra representado en las personas afectadas por la periodontitis crónica, lo que sugiere un efecto protector. Los resultados inconsistentes a través de los estudios para los otros tres marcadores 21q22.11 sugieren una verdadera asociación entre la periodontitis crónica y el locus probablemente no existe. La figura 2 Resumen de los resultados del metanálisis para rs1477403 (16q22.3).
Figura 3 Resumen de los resultados del metanálisis para rs9305434 (21q22.11).
Figura 4 Resumen de los resultados del metanálisis para rs2833017 (21q22.11).
Figura 5 Resumen de los resultados del metanálisis para rs2048126 (21q22.11). Discusión
En este estudio, se analizaron 2.685 muestras de ADN procedentes de dos estudios de cohortes y un conjunto de datos de casos y controles. Estas diferentes diseños del estudio explican la variación de la frecuencia de la enfermedad periodontal en cada uno de los grupos de estudio que van del 11% al 50%. México La primera etapa de nuestro estudio incluyó un análisis de todo el genoma. La periodontitis crónica tiene una prevalencia de más del 47% en los Estados Unidos con base en los datos del NHANES [22], y en general más bajos tamaños de la muestra son necesarios para estudiar una enfermedad común que una enfermedad poco frecuente [23]. Sin embargo, con el relativamente modesto número de personas afectadas y poder estadístico previsto, hemos implementado dos estrategias para mejorar la potencia estadística. Se incluyeron al menos cuatro controles para cada caso, que se considera el estándar de oro para el número de casos y controles para ser recogidos en un estudio de la genética de casos y controles [23]. El otro se acercaba era usar casos con al menos 30% de los sitios de la boca afectados por la periodontitis crónica, evitando por lo tanto la inclusión de los casos menos graves. Este enfoque se cree que maximizar la varianza de variables predictoras (cada variante genética o X), que de acuerdo con b x ± t nm-1; α√MSE /nV x (1-R < sup> 2), donde MSE es el error cuadrático medio, n es el tamaño de la muestra, V x es la varianza de X, y (1-R 2) es la proporción de la varianza X no compartida por cualquier otras variables en el modelo, se incrementarán potencia y precisión [24]. Si bien ningún polimorfismo de nucleótido único exhibido en asociación amplia del genoma importancia, varias regiones genómicas mostraron evidencia sugerente de la asociación. Sin embargo, sólo cuatro marcadores genéticos en dos loci mostraron también una tendencia para la asociación en experimentos independientes con diferentes conjuntos de datos de población, y sólo un marcador mostraron asociación cuando se retiraron las muestras. Estos resultados son interesantes porque un experimento se llevó a cabo en una cohorte de base hospitalaria, que se obtiene de los datos clínicos de diferentes profesionales y una mayor heterogeneidad, y los siguientes experimentos se realizaron en las cohortes y los datos basados en la población fueron recogidos con el rigor experimental para aumentar la homogeneidad. rs1477403 está situado en 16q22.3 y en una secuencia de un ARN no codificante no caracterizado (LOC100506172). El cambio de nucleótido no se conserva en ratón, chimpancé, orangután, o macaco de acuerdo con los datos disponibles en la UCSC Genome Browser y es poco probable que tenga un papel funcional directa, pero esta posibilidad no puede descartarse.
Nuestro enfoque para seleccionar marcadores a seguimiento incluye la comparación de los 100 mejores resultados de los dos análisis del genoma amplia exploración. Podríamos haber priorizado marcadores basado en nuestros cálculos de potencia inicial. Sin embargo, una suposición justa para las enfermedades periodontales es que las contribuciones de genes individuales son pequeñas y si se utilizó odds ratio valores de corte inferior a 1,5, que probablemente tendría varios cientos, si no miles de marcadores posibles a seguir. diseños de dos etapas para la manipulación de SNPs clasificados en base a los valores de p se han demostrado para mejorar el ranking y para disminuir los valores de significación sobreestimadas [25-28] .También realizaron un cumplido-análisis para ayudar a interpretar los resultados de los análisis de los cuatro SNPs en los tres grupos de la población. Si se produce una gran población valor p para un SNP dado cuando otros dos poblaciones producen pequeñas para que los SNP, parece que hay varias razones posibles. Una sería que el SNP está realmente asociada con el rasgo en las poblaciones que confieren la señal, pero el SNP no está asociado con el rasgo en la tercera población. Otra posibilidad es que el SNP está asociado con el rasgo en todas las poblaciones, pero la muestra de individuos recogidos de una de las poblaciones por casualidad pasó a proporcionar baja potencia. Una tercera posibilidad, por supuesto, es que el SNP no está asociado con el rasgo, y las dos poblaciones que mostraron una señal eran ambos falsos positivos. Si la hay, en verdad, la asociación en el tercio de la población, pero la muestra pasó a mostrar baja potencia, a continuación, mientras que se esperaría que la dirección de cualquier efecto observado en la muestra a ser la misma, sino que también no parece poco probable que por casualidad en realidad podría ser opuesta (p-valores bajos significan los tamaños del efecto cerca de cero en una muestra dada, y como tal, el "efecto" puede ser en cualquier dirección). Nuestra hipótesis es que la señal para el SNP 16q22.3 es real, a pesar del análisis individual de una de las poblaciones brasileñas no indica asociación (Figura 2). Por otra parte, puesto que las señales de los SNPs en 21q22.11 no son consistentes (Figuras 2 a 4), que postula la evidencia de asociación con este locus es un falso positivo. Estos análisis ejemplifican el reto de interpretar los resultados de este tipo de estudios. Francia El primer genoma estudio de asociación amplia en la periodontitis estudiaron el tipo agresivo de la enfermedad [8]. Este estudio identificó una asociación con un marcador en el locus de GLT6D1
y experimentos funcionales sugiere que la reducción de la afinidad de unión a la GLT6D1
locus GATA3 podría ser un componente de la fisiopatología de la periodontitis [8]. Este locus no es uno que estamos sugiriendo estar asociada con periodontitis crónica. La falta de coincidencia entre nuestros resultados y los de otros [9, 10] en el genoma de ancho de barrido de la periodontitis crónica y el estudio de Schäfer et al. [8] es probablemente debido al hecho de que estas dos condiciones tienen influencias genéticas distintas. Hemos demostrado anteriormente que los agregados con periodontitis agresiva en las familias y su modo de herencia más parsimoniosa es un modelo de transmisión semi-general que permite la transmisión de heterocigotos para variar [29]. Esto es muy distinto de lo que vemos en la periodontitis crónica en la que se puede detectar ninguna clara agregación familiar.
Nuestros beneficios del estudio de varios puntos fuertes, incluyendo los datos de polimorfismo de nucleótido único en todo el genoma y la evaluación rigurosa y exhaustiva de fenotipos. Genotipado y el aseguramiento /control de calidad calidad arrojaron datos de una calidad excepcional. Por otra parte, como uno de los primer genoma estudios de asociación de todo para la periodontitis crónica reportado hasta la fecha, este estudio logra el objetivo principal (del diseño del estudio amplio de asociación de genoma no basado en hipótesis), de generar interés en los genes y regiones genómicas no estudiada anteriormente en el contexto de la salud oral. Sin embargo, este estudio también pone de relieve los retos de la identificación de genes implicados en la enfermedad compleja común, a saber, que numerosos genes, en su mayoría de pequeños tamaños del efecto, es probable que contribuyan a la periodontitis, y que el descubrimiento de variantes individuales pueden ser extremadamente difícil. Nuestras poblaciones de estudio tenían una mezcla de individuos de ambos Blanco y Negro patrimonio y esto complica aún más cualquier análisis, ya que la frecuencia del alelo puede ser dispar entre las diferentes poblaciones. A pesar de que tomamos muy en cuenta este factor, no podemos excluir la posibilidad de que las asociaciones que sugieren que encontramos son influenciados por la variación en el origen étnico de las muestras. Mientras que la investigación sobre la genética de la periodontitis está por detrás de muchas otras enfermedades comunes complejas prominentes, este estudio proporciona una plataforma de lanzamiento para el futuro de genes candidatos y los estudios funcionales de las enfermedades periodontales. La disponibilidad pública de estos datos a través de portales en línea facilitará la utilidad de este estudio en el diseño de futuros esfuerzos y colaboraciones entre estudios para entender la genética de las enfermedades periodontales.
Conclusiones
Nuestros datos ofrecen una hipótesis clara para ser probado de forma independiente respecto a la contribución del locus 16q22.3 a la periodontitis crónica.
Notas
iPerformed en una plataforma Illumina 610-Quad.
iiStored en kits Oragene ADN auto-Collection (ADN Genotek Inc ., Ottawa, ON, Canadá).
iiiUsing la Illumina Human610-Quadv1_B BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, EE.UU.).
ivPerformed en un Applied Biosystems 7900 de detección de secuencias HT máquina de sistema (Applied Biosystems Inc., Foster City, CA, EE.UU.).
Declaraciones
Agradecimientos
los autores están en deuda con todos los pacientes que aceptaron con entusiasmo formar parte de este proyecto. Los datos para este estudio fue proporcionado por el registro dental y ADN Repositorio de la Escuela de Medicina Dental de la Universidad de Pittsburgh. El apoyo financiero para este trabajo fue proporcionada por el NIH subvención 5TL1RR024155.
Resumen de las principales conclusiones
Un marcador en 16q22.3 está asociada con periodontitis crónica en varias poblaciones diversas y puede ser de importancia para determinar el riesgo de la enfermedad.
Electrónico material complementario
12903_2014_413_MOESM1_ESM.doc archivo adicional 1:. información adicional sobre la definición del fenotipo, los cálculos de potencia y amplia del genoma análisis de asociación (DOC 667 KB) Autores "original presentado archivos de imágenes
a continuación se presentan los enlaces a original de los autores presentó archivos de imágenes. 'archivo original para la figura 1 12903_2014_413_MOESM3_ESM.tif autores 12903_2014_413_MOESM2_ESM.tif Autores archivo original de' archivo original de la figura 3 12903_2014_413_MOESM5_ESM.tif autores figura 2 12903_2014_413_MOESM4_ESM.tif Autores archivo original de la figura 4 12903_2014_413_MOESM6_ESM.tif archivo original de los autores de la figura 5 Conflicto de intereses Empresas El autores no tienen intereses en competencia para declarar.
contribuciones de los autores
PF, PLC, KD, HK HK-J realiza la manipulación del ADN y todos los experimentos de laboratorio. PF, XW, PLC, ECK, y ARV analizan e interpretan los datos. PLC, JN, ANH, VQ, LLB, CS, JMG, y ARV realizan actividades relacionadas con el reclutamiento de sujetos, las definiciones de fenotipo, y la recolección de la muestra biológica. PLC, JMG, CS, y ARV diseñados los estudios de cohortes originales. Todos los autores revisado críticamente el manuscrito. Todos los autores leído y aprobado el manuscrito final.
