Resumen Antecedentes
Más del 90% de los adultos de 20 años o mayores con los dientes permanentes han sufrido de caries dental que conducen al dolor, infección, o incluso pérdida de dientes. Aunque la prevalencia de caries ha disminuido en la última década, todavía hay alrededor de un 23% de los adultos dentados que tienen lesiones de caries no tratadas en los EE.UU.. La caries dental es una enfermedad compleja afectada tanto por la susceptibilidad individual y los factores ambientales. Aproximadamente el 35-55% de la variación fenotípica caries en la dentición permanente es atribuible a genes, aunque pocas caries específicos genes han sido identificados. Por lo tanto, se realizó el primer estudio de asociación de genoma completo (GWAS) para identificar los genes que afectan la susceptibilidad a la caries en los adultos.
Métodos
cinco cohortes independientes se incluyeron en este estudio, un total de más de 7000 participantes. Para cada participante, la caries dental se evaluó y los marcadores genéticos (polimorfismos de un solo nucleótido, SNP) se genotipo o imputados a través de todo el genoma. Debido a la heterogeneidad entre los cinco cohortes en cuanto a edad, plataforma de genotipado, la calidad de la evaluación de la caries dental, y el diseño del estudio, llevado a cabo en primer lugar asociación de genoma completo (GWA) analiza en cada una de las cinco cohortes independientes por separado. A continuación realizó tres metanálisis para combinar los resultados para: (i) las cohortes de los Apalaches comparativamente más jóvenes (N = 1.483) con bien evaluado-fenotipo de caries, (ii) las comparativamente mayores, las cohortes no Apalaches (N = 5960) con caries inferiores fenotipos, y (iii) todas las cinco cohortes (N = 7443). Los mejores resultados loci genéticos dentro ya través de los meta-análisis fueron examinados por sus papeles biológicamente plausibles sobre la caries.
: Resultados de la diferentes conjuntos de genes fueron nominados en los tres metanálisis, especialmente entre los grupos de edad más jóvenes y mayores. En general, hemos identificado varios loci sugerente (P-valor ≤ 10E-05) dentro o cerca de genes con funciones biológicas plausibles para las caries dentales, incluyendo rps6ka2 y PTK2B, que participan en la señalización de p38 MAPK-depenedent y RHOU y FZD1, que participan en el cascada de señalización Wnt. Ambas vías han sido implicados en la caries dental. ADMTS3 y ISL1 están involucrados en el desarrollo del diente, y TLR2 está implicado en la respuesta inmune a patógenos orales.
Conclusiones
Como el primer GWAS de caries dentales en adultos, este estudio nominado varios nuevos genes para el estudio futuro de caries, lo que puede conducir a una mejor comprensión de cariogénesis, y en última instancia, a la mejora de las predicciones de la enfermedad, la prevención y /o tratamiento.
Palabras clave
dental caries Genética Genoma amplia asociación dentición permanente material complementario Genómica Electrónico
La versión en línea de este artículo (doi:. 10 1186 /1472-6831-12-57) contiene material complementario, que está disponible para los usuarios autorizados
Antecedentes
la caries dental es una enfermedad crónica común que causa dolor y la discapacidad a través de toda la edad. grupos [1]. la caries no tratada puede conducir a dolor de propagación de la infección al tejido adyacente, pérdida de dientes y edentulismo (pérdida total de los dientes). La prevalencia de caries aumenta con la edad, y en la tercera década de la vida, aproximadamente el 91% de los adultos dentados que han experimentado la caries dental en los EE.UU.. A pesar de la experiencia de caries en general ha disminuido en un 3,3% en la última década, esta tendencia es más evidente en los adultos más jóvenes (20-39 años) con un mayor nivel de educación (NHANES resúmenes de vigilancia en salud bucal, 2005). Sin embargo, alrededor del 23% de los adultos tienen caries sin tratar, en todo el país. México La etiología de la caries dental implica una compleja interacción de factores ambientales y genéticos. Los análisis de heredabilidad han puesto de manifiesto el notable papel de los genes en la enfermedad de caries [2-4]. Previamente se realizó un análisis de heredabilidad de la caries dental en base a 2.600 participantes procedentes de 740 familias multigeneracionales [5]. Para la caries en la dentición permanente, que calcula aproximadamente 35-55% de la variación fenotípica en la experiencia de la enfermedad fue atribuible a factores genéticos. Es importante destacar que también mostró que los genes que afectan la susceptibilidad a la caries en la dentición primaria difieren en parte de las de los dientes permanentes.
Los estudios previos de la genética de la caries dental se han centrado principalmente en los genes candidatos. Los genes que afectan a las preferencias de sabor (como el gen receptor del gusto TAS2R38
) pueden afectar los hábitos dietéticos, un importante factor de riesgo de caries conocidos [6]. Otros ejemplos son la amelogenina (AMELX
) [7, 8] y tuftelina (TUFT1
) [9], las proteínas de la matriz del esmalte, y CD14
, un gen de respuesta inmune innata implicado en reconocimiento de patrones bacteriana durante cariogénesis [10]. En el estudio de asociación única en todo el genoma (GWAS) realizado hasta la fecha sobre la caries [11], unos pocos loci (ACTN2
, MTR
, y EDARADD
, MPPED2 de búsqueda y LPO
) con posibles funciones biológicas en la susceptibilidad a la caries, aunque no significativa escala del genoma, demostrado evidencia sugerente de asociación con fenotipos de caries.
a pesar de estos esfuerzos, se han identificado o replicado pocos genes específicos para la caries dental en la dentición permanente. Por lo tanto, nuestro objetivo era realizar análisis de asociación de genoma completo (GWAS) para identificar variantes genéticas asociadas a la caries dental en la dentición permanente en adultos. La identificación de los genes de caries contribuirá a nuestra comprensión de la etiología de la caries, y puede conducir a intervenciones preventivas y /o estrategias de tratamiento para la caries dental.
Métodos
el reclutamiento de muestras y recogida de datos
Como se muestra en la Tabla 1, cinco independientes muestras se incluyeron en este estudio. 1) La primera muestra (N = 970) se determinó a través del Centro para la Investigación de la Salud Oral en los Apalaches (COHRA), una iniciativa para estudiar las causas de las disparidades de salud oral en los Apalaches rural. En resumen, la muestra se extrajo de las comunidades rurales de los Apalaches en gran medida en Pennsylvania y West Virginia, de acuerdo con un protocolo de contratación basada en el hogar que requiere por lo menos un par entre padres e hijos biológicos con el fin de participar [12]. 2) El segundo grupo de participantes (N = 223, DRDR1) se determinó a través de la Universidad de Pittsburgh, Escuela de Medicina Dental Dental Registro y Repositorio de ADN (DRDR). En este proyecto en curso, se invita a cada persona que viene a la escuela dental para el tratamiento de formar parte del registro [13]. Estas muestras, junto con la muestra COHRA se incluyeron como parte del proyecto de la caries dental GINEBRA [14]. 3) La tercera cohorte comprende un adicional de 290 participantes posteriormente aceptados en el DRDR (DRDR2), con características demográficas similares a DRDR1. 4) La cuarta cohorte (N = 4230) fue desde el Atherosclerosis Risk in Communities (ARIC), que fue diseñado para investigar la etiología y la historia natural de la aterosclerosis [15]. El AricDental, un proyecto complementario con el apoyo del Instituto Nacional de Investigación Dental y Craneofacial (NIDCR), se llevó a cabo en la cuarta visita entre 1996 y 1998 [16]. 5) La quinta cohorte fue de un caso-control anidado de tipo 2 muestras de la diabetes dentro de los Profesionales de la Salud de seguimiento de estudios [17, 18] (HPFS; N = 1730), un estudio prospectivo en curso de proyecto dirigido a profesionales de la salud varones de edades comprendidas entre 40 y 75 años en los EE.UU.. cipantes parti particularmente implicados en nuestro proyecto fueron reclutados en el medio o finales de 1990, tanto para la ARIC y HPFS, mientras que para COHRA y las dos cohortes drdr, las muestras se trajeron a partir del 2005. El reclutamiento para las cinco cohortes de muestra que no se basaba en los participantes 'estado de la caries dental. escrito el consentimiento informado se obtuvo de todos los participantes en cada proyecto individual. Todos los procedimientos del estudio fueron revisados y aprobados por las juntas de revisión institucional en las universidades en cada sitio (Federal ancha Assurance (FWA) # para el proyecto de la caries dental GINEBRA: FWA00006790; proyecto ARIC: FWA00004801 y HPFS-DT2: FWA00000484) .Tabla 1 Descripción del cinco cohortes
cohorte Descripción *
COHRA
DRDR1
DRDR2
ARIC
HPFS
PI
Marazita
Vieira & amp; Marazita
Vieira
Boerwinkle
Hu
Tamaño de la muestra
†
970
223
290
4230
1730 (macho)
Edad
§
34,3 ± 9,4
41,9 ± 16,9 41,8 ±
17,9
63,1 ± 5,6
65,2 ± 8,4
Edades
17-67 17-84
17-89 53-75
49-83
La prevalencia de caries (%)
95,3
94,5 97,7
99,5 98,7
caries Fenotipo
¶
CPOS
CPOS
CPOS
Proporción DFS
la severidad de caries
Genotipado Plataforma
Illumina 610 Quad-
Illumina 610 Quad-
Illumina 610 Quad-
Affymetrix 6,0
Affymetrix 6,0
Genotipado Cente
**
CIDR CIDR
Pitt-PGDC
BICGA
BICGA
datos imputados
Y
Y
N
y
N
* COHRA: Centro de Investigación de Salud Oral en los Apalaches cohorte
DRDR1:. Registro dental y ADN Repositorio fase cohorte 1.
DRDR2: Dental registro y Repositorio de ADN fase cohorte 2.
ARIC:. La aterosclerosis de riesgo en la cohorte Comunidad
HPFS: Health Professionals Follow-Up Study cohorte
† Todas las estadísticas de resumen y el posterior análisis de los blancos no hispanos incluir sólo genotipo..
§ media ± ¶
CPOS:. cariados, perdidos debido a la superficie de los dientes rellenos de decaimiento, o
Proporción DFS:. decaído o superficies de los dientes rellenos /superficies totales en riesgo
gravedad de la caries:. totales # de caries codificado como 0, 1; 2-4; 5-9 y 10 o más
** CIDR: el Centro Johns Hopkins para la Investigación de Enfermedades Heredado;
Pitt-PGDC:.. Genómica y la proteómica Core Laboratories en la Universidad de Pittsburgh
BICGA: Instituto Broad Center de Genotipificación y Análisis de la Universidad de Harvard y el MIT.
evaluación
caries Fenotipo para COHRA, la caries dental de los dientes permanentes se evaluó por los dentistas o higienistas dentales a través de la inspección visual. Los datos para DRDR1 y DRDR2 fueron extraídos de las evaluaciones realizadas por los dentistas. Examinadores en todos los sitios fueron calibrados periódicamente. Cada superficie del diente se anotó como sonido, cariados, obturados que faltan debido a la descomposición, o desaparecidos por razones distintas de la decadencia, de acuerdo con la Organización Mundial de la Salud escala y de acuerdo con el protocolo aprobado por el NIDCR NIH /recomendados para la evaluación de la caries dental para los propósitos de investigación [12, 19]. Este método de evaluación de la caries es compatible con el Kit de herramientas de Phen-X (http:.. //Www phenxtoolkit org) para facilitar la combinación de datos entre los estudios, y el Centro Nacional de Estadísticas de Salud Dental Examinadora Manual de procedimientos (ver sección 4.9. 1.3). Los terceros molares fueron excluidos de la evaluación de la caries. individuos desdentados fueron reclutados en el estudio, pero se excluyeron de la evaluación de la caries y el análisis de seguimiento. El fenotipo, CPOS, utilizado en el análisis GWAS representa el número de dientes cariados, perdidos debido a caries, o rellenas superficies (restaurada) a través de los dientes dentición permanente de un individuo.
Evaluación de caries en la cohorte ARIC fue similar al enfoque se ha indicado anteriormente, excepto que no se hace distinción entre los dientes que faltaban debido a caries o faltantes debido a otra razón. Por lo tanto, el DFS (superficie del diente cariado o llenos) fenotipo estaba disponible para este conjunto de datos. Con el fin de dar cuenta de la variación del número total de dientes en riesgo en esta muestra más antigua de las personas, hemos creado un nuevo fenotipo, donde la proporción de DFS es igual a los recuentos originales DFS dividido por el número total de las superficies dentales en situación de riesgo.
En la cohorte de HPFS, la caries se evaluó mediante cuestionarios de auto-reporte. La línea de base de medición de caries recogido en 1996 fue utilizado en nuestro análisis. En general, se recogieron datos sobre el número total de caries en los dientes permanentes. La respuesta a esta pregunta era una variable categórica ordenada que representan diferentes niveles de gravedad de la caries (sin cavidad, 1 diente afectado, 2-4, 5-9, y 10 o más dientes afectados).
Como se informó anteriormente [6, 12 ], ambos concordancias inter e intra-examinador de las evaluaciones de caries fueron altas en la cohorte COHRA. Sin embargo, este proceso de calibración no estaba disponible para otras cohortes, ya sea porque tal diseño no fue parte del estudio original (DRDR1 y DRDR2), o la colección de caries fenotipo era de un interés lateral (ARIC), o la evaluación de la caries se basan simplemente en percepción de la información del cuestionario (HPFS).
genotipado, garantía de calidad, y la imputación
Como parte del proyecto de la caries dental GINEBRA, genotipificación de muestras COHRA y DRDR1 se llevó a cabo en nombre del consorcio Ginebra por el Johnsson Hopkins Center Investigación de Enfermedades Heredado (CIDR) a través de los Institutos nacionales de Salud contrato. El genotipado de estas cohortes se realizó utilizando el Illumina Human610-Quadv1_B BeadChip (Illumina, San Diego, CA, EE.UU.). Los detalles adicionales están disponibles en la base de datos del Centro Nacional de Información sobre Biotecnología del genotipo y fenotipos (dbGaP, http: //www NCBI NLM NIH gov /sitios /Entrez db = hueco,....? estudio de la adhesión designación phs000095.v1.p1). La cohorte DRDR2 se genotipo en la Universidad de Pittsburgh Genómica y Proteómica Laboratorio Core utilizando el mismo chip Illumina Human610-Quad. Genotipado tanto para ARIC y HPFS cohortes se llevó a cabo en el Instituto Broad del MIT y el Centro de Harvard para el genotipado y análisis utilizando el SNP gama Affymetrix 6.0 (Affymetrix, Santa Clara, CA, EE.UU.) y el algoritmo llamando alpiste. Los detalles adicionales están disponibles en dbGaP (adhesión estudio designaciones phs000090.v1.p1 para ARIC y phs000091.v2.p1 para HPFS) Genotipo datos
para todas las cohortes, excepto DRDR2 fue a través de un amplio proceso de limpieza, la imputación, y garantía de calidad, realizado por el consorcio GINEBRA Centro de Coordinación de la Universidad de Washington [14, 20, 21]. Todo el procedimiento de limpieza incluida, pero no se limita a, los controles de identidad de género, anomalías cromosómicas, la relación de la muestra, estructura de la población, las tarifas de llamadas que faltan, los efectos de la placa, los errores mendelianos, duplicar la discordancia, etc. Los informes detallados de limpieza están disponibles públicamente para cada estudio en el recurso dbGaP anteriormente referenciada. La limpieza de datos y control de calidad para los genotipos DRDR2 se llevaron a cabo por nuestro propio equipo usando procedimientos similares como anteriormente. Imputación
genotipo (es decir, inferir los genotipos observados en base a los observados a partir de una muestra de referencia con el fondo genético similar) se realizó por el GINEBRA centro de coordinación de tres cohortes (COHRA, DRDR1 y ARIC). datos imputados fueron puestos en libertad para todos los SNPs imputados con éxito (aproximadamente 1,4 millones de dólares) que utilizan los sujetos de un panel de referencia HapMap fase III (ascendencia europea genéticamente determinada, muestra CEU) y software BEAGLE [22]. Se proporcionaron las métricas de calidad para cada SNP imputados que fueron utilizados en el análisis ulterior para filtrar los resultados de imputación en un nivel por SNP. genotipos imputados se proporcionan como la probabilidad de cada uno de los tres estados del genotipo, lo que refleja el nivel de certeza en la predicción genotipo. Estas probabilidades se incorporaron directamente en los análisis estadísticos intermedios en PLINK, en lugar de tomar el genotipo más probable es imputada. Para una descripción detallada de este procedimiento de imputación y control de seguimiento de la calidad, por favor consulte el informe disponible en dbGaP.
El análisis estadístico de asociación
exploraciones genoma completo se limitan a los blancos no hispanos de auto-reporte, que comprendía las mayoría de las muestras de nuestro estudio. Esto fue para minimizar el riesgo de error de tipo I inflado causada por estratificación de la población y para evitar la reducción de la potencia debido a la posible heterogeneidad genética. Antes del análisis, se aplicó el análisis de componentes principales (PCA) basado en autosómica SNPs independiente para verificar la variable raza auto-reporte en contra de la evidencia de ADN. controles HapMap (CEU, YRI, CHB, JPT) se utilizaron como referencia. se observó una elevada concordancia entre la percepción subjetiva de la raza y la ascendencia genéticamente determinada en todas las cohortes. Los valores extremos muy raros fueron excluidos de un análisis más detallado. Para la muestra COHRA, que incluyó a participantes de todas las edades, el análisis estadístico se limita a los dientes permanentes en las personas de 17 años o más. Todos los participantes en las otras cohortes eran adultos, y por lo tanto fueron incluidos en el análisis
Todas las exploraciones se realizaron en GWAS PLINK (http:... //Pngu mgh Harvard edu /~ Purcell /plin). [23] utilizando regresión lineal (opción --linear), mientras que el ajuste por edad y sexo como covariables. Los análisis anteriores se realizaron por separado en cada cohorte con los datos de genotipo y los datos si está disponible (COHRA, DRDR1 y HPFS) imputaron. Antes del análisis, se aplicaron HWE (10E-4-valor de p ≤) y el alelo menor frecuencia (MAF) ≤ 0,02 filtros para excluir valores atípicos o SNPs raras. A continuación, se combinaron los resultados de la asociación GWAS de cada estudio mediante la realización de un metanálisis de metal (http:... //Www SPH UMich edu /CSG /Abecasis /metal /) [24] utilizando su método de puntuación Z ponderada basada en el tamaño de la muestra, P-valor y la dirección del efecto en cada estudio (modelo de efectos fijos). Debido a las diferencias de edad, cohorte de nacimiento, la demografía, la plataforma de genotipado, y la calidad de la evaluación de la caries dental, así como la posible heterogeneidad genética entre nuestros cohortes, se realizó tres meta-análisis: 1) Meta 1 (COHRA, DRDR1, y DRDR2 ): combinamos estas tres cohortes porque estaban compuestos cada uno de los individuos comparativamente más jóvenes de los Apalaches. Además, se genotipo en el mismo chip Illumina, y tienen las caries más informativos CPOS fenotipo; 2) Meta 2 (ARIC y HPFS): combinamos estas dos cohortes, ya que ambos fueron genotipo utilizando Affymerix chip de 6,0 y ambos incluyeron comparativamente participantes de mayor edad (todos muestras ≥49 años) con las evaluaciones de la caries dental pobre calidad; . 3) Meta 3 (las cinco cohortes combinadas)
Hemos explorado todas las señales con "sugerente significado" (P-valor ≤ 10E-5) el uso de varias herramientas bioinformáticas en línea y bases de datos, tales como SCAN (http: //www . scandb org /) [25], y WGAViewer (http:.... //compute1 LSRC Duke edu /software /WGAViewer /) [26]. Este paso fue crucial y en base a la suposición de que asociado SNPs, que puede no ser ellos mismos causal, estaban en LD con la variante causal cerca. Por otra parte, es actualmente desconocido donde una variante causal puede estar situado con respecto al gen que afecta, aunque de acción en cis (es decir, físicamente proximales) variantes son ampliamente cree que son importantes. Por lo tanto, para cada reunión SNP sugerente importancia, hemos explorado si los genes cercanos habían conocido funciones biológicas relevantes para cariogénesis. El cálculo del factor de inflación genómico, lambda, y la generación de cuantil-cuantil parcelas se realizaron en el paquete estadístico R (R Fundación para la Computación de Estadística, Viena, AU). Manhattan parcelas fueron creados usando Haploview [27]. regional de visualización de las señales principales GWAS se produce utilizando LocusZoom (http:... //CSG SPH UMich edu /locuszoom /) [28]. También generó parcelas intensidad genotipo (es decir, parcelas de racimo) de genotipo SNPs dentro de los mejores señales para verificar que llama genotipo de alta calidad. Debido a que más del 95% de nuestras muestras eran individuos no relacionados, no nos ajustamos el análisis de la relación familiar, pero vigilando estrechamente la evidencia de la inflación genómico.
: Resultados de la Tabla 1 muestra las características descriptivas de las cinco cohortes utilizados en nuestro estudio. ARIC y HPFS eran las dos cohortes más grandes que contienen los participantes comparativamente más mayores, de 49 años o mayores. La edad media de estas cohortes eran más de 20 años mayores que las de los otros tres cohortes. La diferencia del año del nacimiento es aún mayor entre los dos mayores y tres menores cohortes porque los sujetos en ARIC y HPFS se determinaron casi 10 años antes. La cohorte HPFS incluye sólo los machos. Las cohortes DRDR1 y DRDR2 fueron similares. La prevalencia de caries fue extremadamente alta (94,5-99,5%) para todos nuestros cinco cohortes, sustancialmente más altos que los reportados por NHANES en 2005 (86,8 a 96,3%) para los grupos de edad correspondientes.
Diferentes métodos de evaluación de la caries se llevaron a cabo a través de la cinco cohortes (Tabla 1). Tooth evaluación caries a nivel de la superficie se realizó para COHRA, DRDR1 y DRDR2, por examen intra-oral, de la que fue generado CPOS índice. índice CPOS es el recuento de las superficies de caries a través de la dentición, y es la medida más ampliamente utilizada de la experiencia de caries dental junto con el CPOD (índice por diente). mediciones de caries en los otros dos cohortes eran diferentes y, presumiblemente, menos completa desde arriba. En ARIC, no se recogieron datos sobre los dientes perdidos debido a la descomposición, y por lo tanto no se podrían generar el índice CPOS. En su lugar se utilizó la proporción DFS como nuestro fenotipo caries, que mide la experiencia de caries con respecto al número de superficies de los dientes para los que tenemos datos (a diferencia de la dentición permanente completa, como en CPOS). En HPFS, la caries dental se evaluó como una variable categórica la percepción subjetiva de lo que representa el número aproximado de las lesiones de caries a nivel del diente.
Figura 1 muestra gráficos de Manhattan para los tres metanálisis. No hay señales de asociación pasaron el umbral de significación de todo el genoma (es decir, marginales valor de p ≤ 5,0 x 10
-8). El factor de inflación genómico, λ, era 1.0345, 1.0055 y 1.0125 durante tres metaanálisis, respectivamente, lo que indica la inflación insignificante valor P. Se investigaron los genes (y sus posibles funciones biológicas) en o cerca SNP con valores de P sugerentes (es decir, 10E-5 P-valor ≤) en cada meta-análisis, y las señales genéticas comunes en comparación a través de los meta-análisis. Figura 1 GWAS resultados en tres meta-análisis: Manhattan y parcelas Q-Q. Todos los valores de p son log10 negativos transformadas. Cada punto representa un genotipo o imputada (cuando estén disponibles) SNP marcador.
Top señales dentro de cada metanálisis (P-valores ≤ 10E-7) guía En total, hubo 5 regiones identificadas en nuestro estudio en el que al menos uno SNP logró este nivel de significación: tres del Meta 1 y uno de Meta 2 y 3 (Tabla 2). El SNP que exhibe la más fuerte evidencia de asociación en el Meta 1 se rs635808 en el cromosoma 6 (valor de p = 1,06 × 10 -7), ubicado en la región intrónica de rps6ka2 gratis (Figure2A, fichero1 adicional: Tabla S1). Este gen codifica una enzima de la familia RSK (ribosomal S6 quinasa), que es capaz de fosforilar diversos sustratos, incluidos los miembros de la quinasa activada por mitógenos (MAPK) vía de señalización. Se ha informado anteriormente de que la activación de la vía MAPK (a través de la fosforilación de p38) juega un papel fundamental en la citoquina inflamatoria y la regulación de genes de quimioquinas y por lo tanto está implicado en enfermedades relacionadas con el orales como caries dental [29], caries inducida pulpitis [30 ], el dolor crónico oral y la enfermedad periodontal. Tabla 2 Tamaño del efecto y los valores de p para los mejores tres SNPs en los metanálisis *
Gene /SNP posición
Chr
par de bases de datos de estado
†
Efecto Size§
valor P (Meta 1)
valor P (Meta 2)
valor P (Meta 3)
COHRA
DRDR1
DRDR2
ARIC
HPFS
RHOU
rs3936161
1
227336163
Illumina
−1.95
7.17
--
−0.70
--
0.721
1.55E-05
6.76E-05
rs12072775
1
227339176
Affymetrix
−1.94
7.17
--
−0.71
0.007
0.725
4.23E-05
0.001
rs9287022
1
227344972
Imputed
−2.09
7.19
--
−0.61
--
0.673
3.79E-06
1.86E-05
rs9793739
1
227352481
Imputed
−2.08
7.88
--
−0.75
--
0.721
5.27E-07
4.28E-06
rs2988738
1
227427128
Affymetrix
0.67
9.55
--
−1.75
−0.15
0.567
2.02E-05
0.002
ADAMTS3
rs788919
4
73572758
Illumina
−1.40
−4.14
−3.56
−0.47
--
0.026
1.36E-04
1.02E-05
rs4694123
4
73606652
Illumina
−1.31
−2.94
−3.89
−0.46
--
0.038
1.18E-04
1.26E-05
rs10805050
4
73612147
Illumina
1.01
2.93
2.50
0.42
--
0.093
4.88E-06
1.68E-06
rs788911
4
73632087
Illumina
0.99
2.54
3.29
0.38
--
0.084
4.77E-06
1.46E-06
rs1383934
4
73636388
Illumina
1.19
3.20
3.70
0.64
--
0.046
1.77E-06
2.96E-07
RPS6K2
rs505982
6
167095386
Imputed
3.66
8.52
--
−0.35
--
8.93E-06
0.859
0.025
rs635808
6
167097412
Illumina
−4.21
−7.53
−8.30
0.44
--
1.06E-07
0,898 0,010
PTK2B
rs17057381
8
27416801
Affymetrix
16.39
28.98
--
0.47
−0.03
4.02E-07
0,267 0,764
CNIH
rs1953743
14
53722229
Both
−3.08
−6.55
−6.87
0.01
0.04
1.98E-06
0.371
0.027
rs4251631
14
53945934
Illumina
−3.78
−6.32
−10.02
−0.35
--
2.13e-07
0.013
1.80E-06
rs11850320
14
53990173
Illumina
−4.57
−7.93
−6.78
−0.33
--
9.92E-07
0.177
0.0003
rs7150062
14
53997400
Both
4.52
7.93
6.78
0.40
0.01
1.15E-06
0.295
0.001
rs7143579
14
54010435
Illumina
−4.42
−7.15
−7.89
−0.42
--
1.16E-06
0.137
0.0002
* Resume genes /las regiones que contienen al menos un SNP con valores P significativos ≤ 10E-7 (en negrita); Se muestran todas las primeras cinco más importantes SNPs si hay más de cinco SNPs observados en la región correspondiente;
† Illumina /Affymetrix /Ambos: SNP se genotipo en Illumina 610Quad /6.0 /Affymetrix ambos chips, respectivamente;
imputado: datos de SNP se generó por única imputación. "-" Indicando que el SNP correspondiente no fue genotipo en DRDR2 o
HPFS;
§ El tamaño del efecto se puede comparar directamente sólo entre Meta 1 cohortes (COHRA, DRDR1 y DRDR2): perfil Figura 2 parcelas de la región de. se muestran los valores de p en la parte superior loci en los metanálisis. log10 P-valores transformados negativos y las posiciones físicas de SNPs en la región. los colores indican desequilibrio de ligamiento entre el SNP índice (de color púrpura) y otros SNPs en base a datos HapMap CEU. la trama alfombra indica la densidad SNP regional. la superposición de la tasa de recombinación se basa en los datos HapMap CEU. Gene posiciones y orientaciones de la transcripción se anotan basan en hg19 /1000 Genomas noviembre versión 2010.
Otra señal sugestiva observado en el Meta 1 fue rs17057381 ( P-valor = 4,02 × 10 -7) en el cromosoma 8. Dentro de una región kb ± 100, hay cinco genes, incluyendo PTK2B
. No hay evidencia directa implica estos genes en cariogénesis; Sin embargo, estudios previos han demostrado que PTK2B
media la MAPK vía dependiente de p38 [31, 32] y es importante para trastornos orales incluyendo la caries dental. (Figure2B) Francia El tercera señal sugestiva observado en el Meta 1 era una amplia región de la asociación en el cromosoma 14 (Figure2C; superior SNP rs4251631 era, valor P = 2,13 × 10 -7). Múltiples SNPs LD bajas (en referencia a rs4251631) demostraron sugerente significado y cuatro de ellos se encuentran entre los mejores SNPs en Meta 3 (P-valores entre 8,17 × 10-5 y 1,80 × 10-6). La señal de la asociación se centra sobre una región de baja recombinación albergar 4 genes, CDKN3, CNIH, GMFB Opiniones y CGRRF1 gratis (ninguno de los cuales han conocido o papeles biológicamente plausibles en la caries dental). La señal de asociación se extiende 500 kb aguas arriba de la región no traducida 5 'del gen BMP4
. proteínas morfogenéticas óseas son importantes para la regeneración /reparación del complejo dentina-pulpa después de la lesión cariogénico [33], y BMP4
, en particular, se ha demostrado para iniciar y regular la reparación de tejido cariado [34, 35].
en Meta 2 se observó una señal sugestiva en el cromosoma 1 (rs9793739, p-valor = 5,27 × 10 -7). No hay información relevante a la caries se encontró para los genes cerca de este SNP excepción de que cerca de 400 kb aguas arriba del primero éxito, fue el gen RHOU (el golpe más cercano, Figure2D), un miembro de la familia Rho GTPasas. La evidencia sugiere que GTPasas actúan como mediadores clave de la cascada de señalización Wnt [36], una vía que es bien conocida por su papel en la regulación de la morfología de los dientes durante el desarrollo dental [37]. En 2001, Tao et al.
Mostró en ratones el posible papel de RHOU
en la regulación de la morfología y la proliferación celular a través de la vía de Wnt1 [38] de señalización. Aunque biológicamente plausible, actualmente se desconoce si RHOU está implicado en la susceptibilidad genética a la caries dental. Hoteles en Meta 3 se observó una sugestiva asociación con rs1383934 (valor de p = 2,96 × 10 -7). Este SNP está localizado en el cromosoma 4 en la región intrónica de ADAMTS3
(Figure2E), que es altamente expresado durante el desarrollo dental en la papila dental en ratones [39]. El papel de ADAMTS3 Hoteles en cariogénesis es desconocida; Sin embargo, dado su papel en el desarrollo de los dientes en el ratón, es plausible que este gen afecta a la susceptibilidad a la caries dental. Livra señales interesantes (los valores de p ≤ 10E-5) Hoteles en Meta 1 también se observó asociación sugerente para una región de 400 kb en el cromosoma 5, que incluye el gen ISL1 gratis (rs4865673, p-valor = 8,73 × 10 -6, Figure2F). Todos los autores leído y aprobado el manuscrito final.
